# 用法概述
usage: htseq-count [options] alignment_file gff_file

# -h参数可显示帮助列表
  -h, --help            show this help message and exit

# -f参数指定输入文件格式类型，默认文件类型为sam
  -f {sam,bam}, --format {sam,bam}

# -r参数指定文件的排序方式，pos:按照染色体位置排序，name:按照read名称进行排序。双端测序数据必选参数，默认值为name。对于单端测序数据，该选项可以忽略
  -r {pos,name}, --order {pos,name}
  
# 当-r参数设定为pos，该选项可以选择最大内存，该参数对单端测序数据无效
  --max-reads-in-buffer MAX_BUFFER_SIZE

# -s参数指定数据建库的链特异性情况，默认值为yes。对于双端测序数据，大多数为非链特异性建库
  -s {yes,no,reverse}, --stranded {yes,no,reverse}
                       
# -a参数指定最低read mapping质量值，低于<minaqual>值会被过滤掉（默认值为10）
  -a MINAQUAL, --minaqual MINAQUAL
                  
# -t参数指定指定最小计数单位类型，（GFF文件中的第三列：如exon），当RNA-seq分析采用 Ensembl GTF 文件类型时，默认值是exon           
  -t FEATURETYPE, --type FEATURETYPE

# -i参数指定最终作为特征id的值，当分析采用Ensembl GTF文件类型是，默认值是gene_id
  -i IDATTR, --idattr IDATTR

# 
  --additional-attr ADDITIONAL_ATTR [ADDITIONAL_ATTR ...]
                        Additional feature attributes (default: none, suitable
                        for Ensembl GTF files: gene_name) 

# -m参数指定判断一个reads属于某个基因的模型，用来判断统计reads的时候对一些比较特殊的reads定义是否计入。<mode> 包括：默认的union和intersection-strict、 intersection-nonempty  （默认：union） 
  -m {union,intersection-strict,intersection-nonempty}, --mode {union,intersection-strict,intersection-nonempty}
                        mode to handle reads overlapping more than one feature
                        (choices: union, intersection-strict, intersection-
                        nonempty; default: union)
  --nonunique {none,all}
                        Whether to score reads that are not uniquely aligned
                        or ambiguously assigned to features
  --secondary-alignments {score,ignore}
                        Whether to score secondary alignments (0x100 flag)
  --supplementary-alignments {score,ignore}
                        Whether to score supplementary alignments (0x800 flag)
  -o SAMOUTS [SAMOUTS ...], --samout SAMOUTS [SAMOUTS ...]
                        write out all SAM alignment records into an output SAM
                        file called SAMOUT, annotating each line with its
                        feature assignment (as an optional field with tag
                        'XF')
  -q, --quiet           suppress progress report

# 从ensemble中下载最新版本的人类基因组注释文件（gtf格式）
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-89/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.89.gtf.gz

# 下载人类基因组序列
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapiens/dna_index/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz

#配置HISAT2的index
hisat2-build -p 8 Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa GRCh38_ensembl_dna 1>build_index.log&

#配置index用时约2小时，结果文件为下图所示

nohup wget -c [文件链接] > download.log&

vim ~/.bashrc
#在文件中加入以下行后保存退出
cd /home

mkdir RNAseq_tool

CHROM
POS
ID
REF
ALT
QUAL
FILTER [来自于##FILTER]
INFO
FORMAT
可能会有样本的名称

$ mkdir mygit
$ cd mygit
$ git init

$ hexo n 'name'

$ hexo g

$ hexo s